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Microbiología

aplicada al

paciente crítico




Editor

Abraham Alí Munive

Editores asociados

Álvaro Arango

Karina Tovar

Erika Cabrera

Gloria Cortés







Bogotá · Caracas · Lima · Madrid · Panamá · Pittsburgh




Los editores y colaboradores presentan temas de actualidad en los cuales los procedimientos y la dosificación de los medicamentos están tomados de las recomendaciones actuales que aparecen en la literatura universal. Por lo tanto, ante los posibles errores humanos o cambios en la medicina, ni los editores ni los colaboradores ni cualquier otra persona que haya participado en la preparación de esta obra garantiza que la información contenida en ella sea precisa o completa, y tampoco son responsables de los posibles errores u omisiones de resultados con la información obtenida. Sería recomendable recurrir a otras fuentes de información para tener certeza de que la misma en este escrito es precisa.

Esto es de particular importancia en relación a los fármacos nuevos o de uso no frecuente. Sería recomendable también consultar a las empresas farmacéuticas para conseguir información adicional si es necesario.


MICROBIOLOGÍA APLICADA AL PACIENTE CRÍTICO

© 2013 DISTRIBUNA LTDA

ISBN: 978-958-8813-02-8


Editor:

Abraham Alí Munive


Editores asociados:

Alvaro Arango

Karina Tovar

Erika Cabrera

Gloria Cortés


Corrección de estilo:

Margarita Rosa Londoño


Diseño y diagramación:

Marcela Torres Caballero

diseno@libreriamedica.com


Impreso por:

Xpress Estudio Gráfico y Digital

Bogotá - Colombia

Impreso en Colombia

Printed in Colombia

DISTRIBUNA EDITORIAL MÉDICA

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Bogotá - Colombia

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Fax: (57-1) 2132379

gerencia@libreriamedica.com

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HECHO DEPÓSITO LEGAL

Microbiología aplicada al paciente crítico. -- Editor Abraham

Alí Munive. -- Bogotá : Distribuna Editorial, 2013.

672 p. ; 22 cm.

Incluye índice temático

ISBN 978-958-8813-02-8

1. Microbiología 2. Cuidados intensivos (Medicina)

3. Urgencias médicas I. Alí Munive, Abraham, ed.

616.01 cd 21 ed.

A1401326

CEP-Banco de la República-Biblioteca Luis Ángel Arango

Prohibida la reproducción parcial o total del material editorial o gráfico de esta publicación sin previa autorización escrita del editor. El esfuerzo y entrega de médicos colegas hicieron posible terminar este proyecto. Fotocopiarlo es una forma de irrespetarse e irrespetar el trabajo y dignidad de los autores.

Gracias por su apoyo al adquirir un original.


LA EDITORIAL











Gracias a la Fundación Neumológica por darme tantas oportunidades y por ser una escuela para mí. Gracias a Omar y Luis Camilo por perdonar tantos momentos frente al computador.

Abraham Alí


La constancia, firmeza y perseverancia para la publicación de este libro se debe a la participación de personas e instituciones que a lo largo de mi carrera profesional me han brindado el apoyo y el conocimiento. Agradezco a Dios por estar conmigo, guiarme en cada paso que doy. Agradezco a toda mi familia, especialmente a mis padres, mi hermano, mi hermana y mi esposo por ser el apoyo más grande y el motor de mi vida.

Karina Tovar


Gracias a la Fundación Cardioinfantil-IC y al Laboratorio clínico de Microbiología por todas las experiencias que han contribuído a mi crecimiento profesional.

Gloria Cortés


Agradezco a Dios por mi vida, por cada oportunidad que me brinda, como la forma de haber participado en este proyecto; a la Fundación Cardioinfantil por permitir mi desarrollo y crecimiento profesional; a mi esposo, mis hijos y a mis padres por su inmenso amor y apoyo incondicional.

Erika Cabrera










Iván Camilo Acosta

Microbiólogo Industrial

Pontificia Universidad Javeriana

Corporación Corpogen


Carlos Aguirre Franco

Medicina Interna - Neumología

Universidad del Rosario

Fundación Neumológica Colombiana


Abraham Alí Munive

Medicina Interna - Neumología

Cuidado Intensivo y Medicina Crítica.

Jefe Cuidado Intensivo Fundación Neumológica Colombiana

Fundación Cardioinfantil - Instituto de Cardiología

Profesor Titular Universidad del Rosario

Profesor Clínico Universidad de la Sabana

Asesor Médico Programa Remeo


Álvaro Ignacio Arango Duque

Especialista en Enfermedades Infecciosas

Jefe de Infectología

Fundación Cardioinfantil Instituto de Cardiología

Universidad del Rosario


Silvio Barreto Flores

Licenciado en Bioanálisis, MSc. Ciencias Médicas Fundamentales

Profesor Asistente en el Centro de Microscopía Electrónica “Dr. Ernesto Palacios Prü”

Universidad de Los Andes, Mérida, Venezuela.


Alberto Fernando Buitrago Gutiérrez 

Médico especialista en medicina interna e Infectología

Universidad del Rosario

Universidad Nacional de Colombia

Hospital Simón Bolívar ESE - Programa Especial VIH

Fundación Hospital San Carlos

Asesor en infecciones Baxter RTS


Érika Cabrera

Bacterióloga, Especialista en Microbiología Clínica

Pontificia Universidad Javeriana

Microbiología

Fundación Cardioinfantil.


Ximena Castañeda

Medicina Interna Universidad del Rosario

Enfermedades Infecciosas

Infectología Fundación Cardioinfantil


Zaida Castell Sabogal

Intensivista Fundación Cardioinfantil

Unidad Cardiovascular 


Rafael Conde Camacho

Internista- Neumólogo

Fundación Neumológica Colombiana


Gloria Cortés

Bacterióloga, Especialista en Microbiología Clínica

Pontificia Universidad Javeriana

Microbiología Fundación Cardioinfantil.


Rossy Elias Díaz Pedraza

Medicina crítica y cuidado intensivo.

Fundación Clínica Shaio.

Universidad de la Sabana.


Germán Francisco Esparza Sánchez

Bacteriólogo y Laboratorista Clínico

Especialista en microbiología clínica

Microbiólogo, Servimed IPS

Microbiólogo, Hospital Universitario Infantil de San José

Asesor programa de Control externo en Microbiología PROASECAL SAS. 

Miembro CLSI Subcomité de pruebas de susceptibilidad antimicrobiana.


Javier Enrique Fajardo Rivero

Medicina Interna Universidad Industrial de Santander

Neumología Fundación Neumológica Colombiana

Cuidado Intensivo Médico Fundación Cardioinfantil


Nelson Javier Fonseca Ruiz

Médico Especialista en Medicina Crítica y Cuidados intensivos. 

Magister en Epidemiología 

Unidad de cuidados intensivos Clínica COMFENALCO - Medellín 

Universidad CES

Universidad Pontificia Bolivariana


Ángela Hernandez Parra

Cuidado Intensivo y Medicina Crítica Universidad de la Sabana

Epidemiología Universidad del Rosario

Cuidado Intensivo Médico Fundación Cardioinfantil

Fundación Neumológica Colombiana


Mónica Gabriela Huertas Valero

Bacterióloga, Especialista en Microbiología Clínica

PhD (C) en Ciencias Biológicas, Pontificia Universidad Javeriana

Corporación Corpogen


Fredy Andrés Luna Vela

Medicina Interna

Universidad del Rosario

Fundación Cardioinfantil


Mario Andrés Mercado Díaz

Especialista en Medicina Crítica y Cuidado Intensivo

Universidad de la Sabana

Líder UCI2 Hospital Santa Clara

Intensivista Fundación Clínica Shaio


Rafael Arturo Meza M.

Médico Intensivista

Fundación Neumológica Colombiana, Clínica Shaio 

Líder UCI cardiovascular Hospital Santa Clara


Henry Millán Prada

Medicina interna 

Fundación Cardioinfantil - Hospital Universitario Mayor.

Profesor Medicina Interna - Universidad del Rosario.


Alfredo Miranda Bucheli

Cuidado Intensivo y Medicina Crítica

Universidad de la Sabana

Cuidado Intensivo Médico

Fundación Cardioinfantil - Instituto de Cardiología


Francisco José Molina Saldarriaga

Especialista en Medicina Interna y Medicina Crítica y Cuidados Intensivos

Magister en Epidemiología Clínica
Clínica Universitaria Bolivariana
Docente Universidad Pontificia Bolivariana


Lina María Murcia

Medicina Interna

Cuidado Intensivo y Medicina Crítica

Universidad de la Sabana

Cuidado Intensivo Médico

Fundación Cardioinfantil - Instituto de Cardiología


Judith Liliana Ortiz Mayorga

Enfermera especialista en Cuidado Cardiorrespiratorio

Epidemióloga Universidad El Bosque

Coordinadora UCIM Fundación Cardioinfantil


Nelson Páez Espinel

Neumología Intervencionista

Medicina crítica y cuidado intensivo

Profesor clínico Universidad la Sabana.

Fundación Neumológica Colombiana


María de las Mercedes Panizo

Licenciada en Bioanálisis

Magister Scientiarum en Micología

Microbiólogo Departamento Micología Instituto Nacional de Higiene

“Rafael Rangel”.

Coordinadora académica del Postgrado “Especialización en Micología Médica”

Caracas, República Bolivariana de Venezuela


Juan Mauricio Pardo Oviedo

Esp. Medicina Interna

Esp. Medicina Crítica y Cuidado Intensivo

Esp. Filosofía de la Ciencia

Jefe de Educación Médica – Méderi

Profesor Asociado de Medicina – Universidad del Rosario


Camilo Rodríguez

Medicina Interna

Fundación Neumológica Colombiana

Unidad de Cuidado Intensivo Médico

Fundación Cardioinfantil- Instituto de Cardiología


Marco Antonio Solarte Portilla

Médico internista Universidad del Cauca, FACP

Coordinador Comité de infecciones Hospital Universitario Departamental de Nariño

Docente hora cátedra Universidad de Nariño

Fundación Universitaria San Martin sede Pasto


Luis Carlos Torres Castillo

Licenciado en Bioanálisis egresado de la Universidad Central de Venezuela

Especialista en Bacteriología

Cátedra de Microbiología. Escuela de Bioanálisis. Universidad Central de Venezuela.

Profesor escalafón agregado, investigador en el área de Caracterización de mecanismos de resistencia bacteriana

Colaborador como docente:

Postgrado de microbiología de la Facultad de Ciencias Veterinarias de la Universidad Central de Venezuela

Especialidad de Post-grado Residencia asistencial en Bacteriología Clínica del Hospital Vargas de Caracas

Postgrado de Infectología del Hospital Universitario de Caracas

Postgrado de Microbiología clínica de la Escuela de medicina Vargas de Caracas


Karina Tovar

Bacterióloga

Especialista en Epidemiología

Universidad del Rosario


Zulma Urbina Contreras

Especialista Medicina Interna

Medicina Crítica y Cuidado Intensivo

Jefe UCI Hospital Universitario Erasmo Meoz

Clínica Saludcoop La Salle


Fabio A Varón Vega

Medicina Interna - Neumología

Medicina Intensiva - Médico de Trasplantes

Aspirante a Farmacoeconomía

Cuidado Intensivo Médico Fundación Neumológica Colombiana


María Mercedes Zambrano

PhD en Microbiología y Genética Molecular, Universidad Harvard.

Corporación Corpogen


Lina Johana Zárate Bonilla

Microbióloga Industrial, Pontificia Universidad Javeriana

Master en Ciencias Biológicas, Universidad de los Andes

Corporación Corpogen










Las características propias de un tema complejo como Microbiología y a su vez, la intención por articular esta información con el diario vivir en la unidad de cuidado intensivo, es un ejercicio complejo y extenso, adicionándole a este intento la accesibilidad y comprensión de la información por parte de todo el personal que se encuentra involucrado en la toma de decisiones clínicas.

La experiencia muestra que la información emitida por el laboratorio de microbiología no es comprendida por completo por el interlocutor final del ciclo, esto probablemente por que no se planteó desde el inicio de la práctica clínica la necesidad de integrar el conocimiento teórico con el conocimiento práctico, razón por lo cual es necesario articular de forma fácil, comprensible y segura la información suministrada por el laboratorio y la aplicabilidad de la misma por el personal de la unidad de cuidado intensivo. Por lo anterior, la generación de grupos multidisciplinarios en beneficio de la atención y pensando en optimizar la información, debe ser una práctica cotidiana que obligue a pensar al personal asistencial que si algún eslabón de esta cadena se desconecta y los conceptos no son aplicados de forma oportuna y segura en la práctica diaria, llevamos a fracasos terapéuticos y de por sí a prolongar la estancia de los pacientes en la unidad de cuidado intensivo, guíando al paciente a la activación de una cascada de comorbilidades innecesarias que finalmente son atribuidas a los cuidados de la salud.

Este libro pretende integrar de forma clara la práctica de la microbiología y su aplicación en la unidad de cuidado intensivo, entrelazando dos disciplinas con un solo objetivo: la seguridad del paciente.

Cuenta con cinco secciones que dan un paseo de profundización por los conocimientos de la microbiología, que debe tener todo profesional que labora en cuidado intensivo. El libro va orientado a los profesionales en medicina, enfermería y bacteriología. Inicia con las bases del conocimiento microbiológico, ofreciendo información primordial acerca de cómo se estructura el laboratorio de microbiología, como tomar una muestra de modo adecuado y luego qué hacer con las muestras tomadas.

En la sección dos, se entra a la descripción microbiológica de los gérmenes en cuidado intensivo. Se presentan conocimientos valiosos en dos niveles de profundidad en multirresistencia e interpretación del antibiograma, terminando con una completa descripción de las biopelículas. Luego se presentan de modo separado cada uno de los antibióticos disponibles en nuestro continente, presentados en una estructura didáctica que le garantiza el aprendizaje de los antimicrobianos.

La sección cuatro está dedicada a los hongos; describiendo cada uno de los grupos que conforman esta familia terapeútica y rematando con las generalidades del tratamiento de las infecciones micóticas y las enfermedades invasoras fúngicas en el ambiente del cuidado crítico.

El libro termina presentando información valiosa y actual sobre el “gerenciamiento” de los antibióticos, la utilidad de desescalar, las particularidades del paciente con SIDA y por último, hay una sección educativa sobre antibiogramas. El lector podrá practicar sus conocimientos dado que encontrará antibiogramas reales y su respectivo resultado y análisis.

Los editores esperamos que el libro contribuya al desarrollo del conocimiento en el área de las infecciones y la microbiología aplicada al paciente en cuidado intensivo, logrando actuar sobre la evolución de las enfermedades y su etiología.



La necesidad de descubrir un agente etiológico trae consigo diversos pasos en un proceso que usualmente se encuentra claramente definido, pero pocos tienen este conocimiento y no entienden su importancia y aplicabilidad cotidiana.

El laboratorio de microbiología no solo genera reportes de S (Sensible), I (Intermedio) y R (Resistente) acompañados de un número al que se le denomina MIC (concentración inhibitoria mínima); también genera resultados para la toma de decisión clínica inmediata como coloraciones realizadas directamente de la muestra, detección de antígenos del agente etiológico y detección de anticuerpos específicos en el huésped; todo este proceso tiene como antelación una logística cien por ciento integrada para que cada paso se realice en el lugar y en el tiempo adecuado, generando ayudas diagnósticas útiles para la toma de decisiones en la unidad de cuidado intensivo.

Los laboratorios de microbiología, independiente de su nivel de complejidad y del avance tecnológico con el que cuenten, pretenden generar resultados de pruebas que conlleven a comprender, interpretar, integrar y aplicar en un reporte los procesos que se llevan a cabo para la generación de este.

Una de las primicias y de las necesidades actuales de la medicina en cuidado crítico es la oportunidad en la recepción del reporte de microbiología con el fin de desencadenar la cascada de decisiones por parte del intensivista; por esto, día a día los laboratorios de microbiología cuentan con innovación tecnológica que va desde la automatización de la coloración de Gram, pasando por incubadoras inteligentes, hasta llegar al módulo de lectura de cultivos totalmente automatizado. Todo esto con dos objetivos:

1. Optimizar tiempos de respuesta, plasmándose en escalonamiento o desescalonamiento oportuno del antibiótico que se ve reflejado en la disminución de fenotipos resistentes.

2. La liberación de tiempo de la bacterióloga para el análisis del resultado y la interacción multidisciplinaria en pro de la seguridad del paciente.

De la calidad de la muestra depende la veracidad del resultado a reportar. Dentro de los aspectos fundamentales para el inicio del procesamiento de una muestra y que son necesarios para realizar la correlación clínica son:

1. Sitio anatómico de la toma de muestra

2. Hora de la toma de muestra

3. Antibioticoterapia previa a la toma de la muestra

4. Medicamentos inmunosupresores

5. Diagnóstico

6. Exámenes a procesar.

A continuación, una breve descripción de cada parámetro:

1. Sitio anatómico: este parámetro confiere información útil para el procesamiento de la muestra y la correlación de los resultados, con el fin de poder discernir entre flora normal o flora patógena, teniendo en cuenta el estado inmunológico del paciente, pues no es lo mismo aislar flora normal de un paciente inmunocompetetente y aislar flora normal en un paciente inmunosuprimido.

2. Hora de la toma de muestra: este dato es útil para llevar la trazabilidad completa del tiempo transcurrido entre la toma de la muestra y el procesamiento de este, parámetro muy importante en los cultivos de gérmenes aerobios y anaerobios, pues en el primero, si transcurren muchas horas entre la toma y la siembra los microorganismos presentes se multiplicarán y no sabremos si el recuento era o no elevado; y en el segundo, los microorganismos anaerobios al ser lábiles al oxígeno al que se encuentran expuestos podrían morir y no recuperarse.

3. Antibioticoterapia previa a la toma de muestra: la importancia de tener este dato radica en la correlación que se realiza en el momento de la lectura de los cultivos, pues el crecimiento del microorganismo se ve inhibido y puede tardar más de lo usual, creando falsas lecturas de negatividad del cultivo. Adicionalmente, el tener esta información hace que el laboratorio testee la susceptibilidad al antibiótico con el que está siendo tratado el paciente.

4. Medicamentos inmunosupresores: es importante tener conocimiento de los medicamentos inmunosupresores con los que se encuentra el paciente, pues de esto depende que el personal del laboratorio clasifique la relevancia del aislamiento obtenido en la muestra analizada.

5. Diagnóstico: existen microorganismos que son característicos de infección en sitios específicos del cuerpo humano, los cuales se asocian a ciertos diagnósticos, si el personal del laboratorio tiene este dato en el momento de la lectura del cultivo se busca específicamente el microorganismo que se encuentra asociado al diagnóstico.

6. Exámenes a procesar: cuando llega una muestra al laboratorio es necesario conocer qué exámenes requiere el clínico con el fin de garantizar un proceso eficiente y a su vez eliminar reprocesos, pues existen exámenes que se deben procesar en un tiempo estándar y no se recomiendan demoras en el procesamiento de las muestra por desconocimiento de los paraclínicos a procesar.


Fase analítica

Esta fase comprende el análisis de la muestra, teniendo en cuenta tres pilares fundamentales para el inicio de esta etapa del proceso:

1. Calidad de la muestra

2. Calidad de los insumos a utilizar

3. Experticia e idoneidad del personal de laboratorio.

El personal del laboratorio debe tener la capacidad de tomar la decisión del proceso que le va a realizar a la muestra, teniendo en cuenta las indicaciones de la orden médica y los exámenes ordenados por el clínico, los cuales pueden ser:

Tinciones básicas

Dentro de estas se encuentra la coloración de Gram, coloración de Zielh Neelsen y coloración de Zielh Neelsen modificada. En la actualidad, la mayoría de los laboratorios realizan estas tinciones manualmente, teniendo estandarizado los tiempos de cada colorante:

Existen equipos automatizados que realizan este tipo de coloraciones, y permiten estandarización en el procedimiento y liberación de tiempo del operador, así mismo la calidad de la coloración mejora en cuanto a la diferenciación rápida y segura de las estructuras observadas en el microscopio.

Exámenes directos

Cultivos para microorganismos no fastidiosos

Para cultivar una muestra se tiene una gran variedad de medios de cultivos para lograr el aislamiento de microorganismos, los cuales van desde agares sólidos hasta semisólidos y líquidos.

Medios de cultivo sólidos: son medios de cultivo dispuestos en cajas de petri, dentro de los más conocidos y más usados en el área de microbiología se encuentran:

Actualmente existen más de 100 agares selectivos y cromogénicos los cuales se encuentran disponibles en el mercado, pero entre más específico el agar más costoso, es por esto que muchas instituciones solo trabajan con los agares primarios para el aislamiento de gérmenes comunes y de hongos.

Medios de cultivo líquidos: estos comúnmente son llamados caldos de enriquecimiento, los cuales son utilizados como su nombre lo indica para lograr el aislamiento de aquellos gérmenes que por condiciones del huésped no se pueden recuperar en el medio sólido, como en los casos en los cuales el huésped se encuentra con antibioticoterapia en el momento de la toma de muestra y el germen no se encuentra en la capacidad de realizar una multiplicación optima en un medio sólido, y en los casos en los que la carga bacteriana de la muestra no es suficiente para la recuperación en las cajas de agar; el medio líquido proporciona los nutrientes necesarios para que la multiplicación sea más rápida, las muestras consideradas estériles deben ser sembradas en un medio de enriquecimiento a fin de asegurar la recuperación del microorganismo que se encuentre presente. Dentro de estos medios los más utilizados son el caldo de enriquecimiento BHI (infusión cerebro corazón) o tioglicolato, este último utilizado en el aislamiento de gérmenes anaerobios y aerobios.

Botellas de hemocultivos: son un medio líquido a partir del cual se va a realizar el aislamiento de un microorganismo, este medio consta de un agar suplementado con vitaminas y factores de crecimiento que permiten la recuperación de cualquier microorganismo. Existen botellas para aislamiento de gérmenes comunes, hongos, micobacterias y anaerobios.

De acuerdo a lo que se requiera aislar en el paciente, se programan los tiempos de incubación de las botellas en los equipos automatizados.

Adicional a los métodos de detección del microorganismo directamente, existen otras pruebas diagnósticas en el laboratorio que ayudan en la detección del antígeno directamente del suero o de la muestra del paciente; dentro de estas, y siendo de las más representativas, se encuentra el látex para la detección de Criptococcus, el látex de meningitis en el cual se detectan seis antígenos directamente del líquido cefalorraquídeo y el antígeno galactomamano. Estas pruebas tienen una sensibilidad y una especificidad buena; no son exámenes que se tomen de rutina pero ayudan a un diagnóstico rápido sin esperar a que el microorganismo tenga un periodo de incubación para poder observar el crecimiento en el agar y por lo tanto ofrecen un valor agregado en el diagnóstico y el inicio de la terapia.